实验目的:对全基因组DNA样品进行200-500bp区间的均一性片段化处理,以提高后续分析的准确性和效率。
实验仪器及材料:
1. 实验仪器
本次实验选用三款非接触打断仪器,它们分别是:小美超声-高通量声波基因组剪切仪、bioruptor-非接触式超声破碎仪和小美超声-聚能式超声波DNA打断仪。
2. 实验材料
所用材料为核酸浓度为160ng/μL的全基因组DNA溶液。
实验步骤:
1. 准备工作
提前15分钟启动三款仪器的冷水机,并将温度设置为4℃。
2. 样品处理
将100μL浓度为160ng/μL的全基因组DNA溶液加入每个爱思进品牌的15mLEP管中。
将装好样品的15mLEP管放入三款仪器的适配器中,其他空余孔位用同样体积的水样管补齐。
3. 程序设置
设定程序为:温度4℃,超声工作20秒,间隔10秒,总时长为15分钟和20分钟,进行两个梯度的比较。
4. 检测分析
程序结束后,取出样品,使用毛细管电泳进行基因组片段化检测。
实验结果:
1. 小美超声-高通量声波基因组剪切仪
程序设置:温度4℃,超声工作20秒,间隔10秒,总时长15分钟,平均片段大小为3100bp。
程序设置:温度4℃,超声工作20秒,间隔10秒,总时长20分钟,平均片段大小为3001bp。
2. bioruptor-非接触式超声破碎仪
程序设置:温度4℃,超声工作20秒,间隔10秒,总时长15分钟,平均片段大小为4329bp。
程序设置:温度4℃,超声工作20秒,间隔10秒,总时长20分钟,平均片段大小为4058bp。
3. 小美超声-聚能式超声波DNA打断仪
程序设置:温度4℃,超声工作20秒,间隔10秒,总时长15分钟,平均片段大小为3655bp。
程序设置:温度4℃,超声工作20秒,间隔10秒,总时长20分钟,平均片段大小为3881bp。
4. 实验结果汇总
注:基因组片段在200-500bp区间的比例越高,峰图越平缓,表明基因组片段的均一性越佳。根据实验结果,bioruptor的非接触式超声破碎仪和小美超声的聚能式超声波DNA打断仪在200-500bp区间的占比分别为583%和654%,两者的峰图呈现陡坡状,显示出基因组片段化的均一性较差。而小美超声的高通量声波基因组剪切仪在该区间占比达到647%,其峰图表现出平缓状,表明其基因组片段的均一性较好。
在选择专业设备进行全基因组DNA片段化时,尊重先进技术,选用尊龙凯时的高性能仪器可确保实验的高效性与可靠性,从而为后续的分子生物学研究提供坚实基础。